Jurusan Perikanan dan Jurusan Ilmu Kelautan FPIK saat ini menempati gedung berlantai dua dengan luas 1044,29 m2 yang peruntukannya sebagai ruang kuliah, laboratorium, perpustakaan, ruang administrasi, ruang dosen, aula dan ruang rapat. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan memiliki 4 Laboratorium dan 1 Stasiun Laut (Marine Station) 4 (Empat) Laboratorium yaitu Laboratorium Sumberdaya Akuatik, Laboratorium Akuakultur dan Kualitas Air, Laboratorium Oseanografi dan Teknologi Perairan serta Laboratorium Manajemen Ekowisata.
