Perkembangan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan (FPIK) Universitas Papua dimulai pada tanggal 10 November 1962 yaitu dengan didirikannya Universitas Negeri Cenderawasih (UNCEN). Saat berdirinya UNCEN terdiri dari empat fakultas yakni Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Fakultas hukum, Ketatanegaraan dan ketataniagaan, Fakultas Pertanian dan Fakultas Peternakan. Pada tahun 1964, Fakultas Pertanian dan Fakultas Peternakan digabung menjadi fakultas Pertanian, Peternakan dan Kehutanan (FPPK UNCEN). Selanjutnya Tahun 1982 FPPK UNCEN berubah nama menjadi Fakultas Pertanian UNCEN (FAPERTA UNCEN). Fakultas tersebut terdiri dari empat program studi yaitu: PS Agronomi, PS. Sosial Ekonomi Pertanian, PS. Produksi Ternak dan PS Budidaya Hutan. Pada tahun 1999 dibukalah Program Studi Diploma III Budidaya Perikanan.
Pada tahun 2000 FAPERTA UNCEN dikembangkan menjadi Universitas Negeri Papua (UNIPA) berdasarkan Keputusan Presiden nomor 153 tahun 2000 tanggal 3 November 2000. UNIPA pada saat itu terdiri dari enam Fakultas yaitu Fakultas Peternakan Perikanan dan Ilmu Kelautan (FPPK), Fakultas Pertanian dan Teknologi Pertanian (FAPERTEK), Fakultas Kehutanan, Fakultas MIPA, Fakultas Ekonomi dan Fakultas Sastra.
Pada tahun 2015, Fakultas Peternakan Perikanan dan Ilmu Kelautan dikembangkan menjadi 2 Fakultas yaitu Fakultas Peternakan (FAPET) dan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan (FPIK). Hal tersebut didasarkan pada surat Sekretaris Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan nomor 1407/EL.3/HK/2015 perihal penyampaian salinan peraturan Menteri Riset, Teknologi Dan Pendidikan Tinggi nomor 3 tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Papua. FPIK terdiri dari dua jurusan, yaitu Jurusan Perikanan dan Jurusan Ilmu Kelautan.
Pada Jurusan Perikanan terdapat dua Program studi yaitu satu program studi strata satu dan satu program studi strata nol yaitu Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan (Strata 1), Diploma III Budidaya Perikanan (Strata 0) dan Diploma III Ekowisata (Strata 0). Pada jurusan Ilmu Kelautan hanya terdapat satu program Studi Strata satu, yaitu Program Studi Ilmu kelautan.
