Jurusan Perikanan dan Jurusan Ilmu Kelautan FPIK saat ini menempati gedung berlantai dua dengan luas 1044,29 m2 yang peruntukannya sebagai ruang kuliah, laboratorium, perpustakaan, ruang administrasi, ruang dosen, aula dan ruang rapat. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan memiliki 6 laboratorium yaitu tiga laboratorium pada Jurusan Perikanan (Laboratorium Lingkungan dan Sumberdaya Perairan, Laboratorium Mikrobiologi dan Nutrisi, dan Laboratorium Budidaya Perairan) serta 3 Laboratorium pada Jurusan Ilmu Kelautan (Laboratorium Ekologi dan Biologi laut, Laboratorium Oseanografi, Akustik dan Penginderaan jauh, serta Laboratorium Kimia Bahan Hayati Laut).
